下面我们来谈谈最为实际的问题，磁盘系统文件格式如何革新?一个过度时期是非常有必要的。在从512B到4K扇区的过度时期，将采用一种名曰：512B仿真技术。具备“高级格式”技术的硬盘控制器，可以在操作系统下模拟出512B的分区容量，但是实际硬盘内部却还是使用的4K扇区。不幸的是，这种模拟方法有些缺点，西数正在大力呼吁，希望得到操作系统级的支持，使用真正的4K扇区。
假如对512B扇区进行仿真，就牵扯到一个数据对齐的问题。仿真读取写入时有可能造成跨扇区操作。将两个相邻的4K扇区内的数据，看做是一个传统扇区的位置。这有可能造成数据错误。
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传统意义上的两个簇内的扇区分布
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4K扇区在模拟512B扇区时，也会会发生跨区操作的问题
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在XP下，仅有8个LBA逻辑区块地址可以对齐
最大的问题是，虽然4K扇区的一款硬盘雏形早在1998年就已经出现了，但是直到Window XP发布之后，它才慢慢被业界所关注。因此，Windows 5.x版本的操作系统都不支持4KB扇区的概念，这也就包含了2K、XP、2K3等诸多视窗系统。西部目前在硬盘的控制器中已经集成了512B扇区模拟器，对于Windows 6.x系统和以后的系统(vista和Win7)，都会有一个较好的支持。特别是目前流行的Windows 5.x系统，第一个分区将出现在LBA63此后的一个512B扇区，后面的扇区将不会重合。本质上将所有的Windows 5.x系统都将创建在第一个分区点后面的分区中。这会使得硬盘在默认情况下有许多性能损失。
虽然Windows 5.x是主要的受害者，其他版本的Windows也会受到波及和影响。随着4K系统文件慢慢开始流行起来的时候，应用软件的作者也要对4K扇区有足够的重视。否则，软件可能不小心错位读取了硬盘的扇区。
