虚拟服务器中文件如何存储也是一个难题。虚拟快照通常是一个新的文件，因为它是全备份，不用考虑上次快照跟这次快照的不同。每次快照都会使用全备份窗口并且使用相同的磁盘/磁带空间。重复数据删除，也称为单实例存储，可以减少备份所需的存储空间。但是重复数据删除并不会缩短备份的时间，因为数据备份完成之后才会进行重复数据删除。因此专家建议对应用程序或者原设备进行重复数据删除的同时降低数据备份的时间。
虚拟服务器的备份跟备份目标并没有特别的关系。传统的数据备份方法可以将数据备份到磁带，虚拟磁带库或者其他的硬盘中。有些对性能要求苛刻的用户通常是先把数据备份到硬盘上，然后再存储到磁带上，VCB 和VMM都是采用这种方式。虚拟服务器备份的介质跟传统数据备份的一样。不过，数据保存时间要仔细确认，没有必要对所有快照都保存很长的时间。关于这点可以向当地的专家或者法律律师进行咨询。
在固定的时间内对虚拟服务器的备份设置进行检查，可以保证所有的数据都可以备份到，并且可以正常的对数据进行恢复。一些公司经常进行数据恢复，这个过程可以视为“测试”。每次对某个文件或者程序进行恢复时，备份也会相应的得到验证。还有一些厂家使用备机来进行测试，这样不会影响正常的业务。
