输入/输出瓶颈：服务器很可能遇到输入/输出瓶颈。当然，虚拟化可以让你在一台服务器上安装多个操作系统并运行一大堆的软件。有些时候，服务器的输入/输出性能在快速处理大批量数据时还是会遇到瓶颈。
谨慎许可方面的费用：假设你有一台4个CPU的服务器，你可能只在1个CPU上运行了虚拟机，但当你去找购买许可时，即使你可能只用了1个CPU，也会收取4份许可的钱。如果不够小心，你花在许可协议上的钱会直线上升。
虚拟化的成本投入
虽然虚拟化技术可以紧缩开支，但也不要期望没有任何成本投入就可以享受到投资保护方面的效益。虚拟化仍然需要资金投入，通常来说就是采购主机硬件。一些采购人员会产生这样的疑问，虚拟化不是用于减少在服务器上的资金投入吗？为什么还会需要购买新的服务器呢？
实际上在虚拟化具体实施过程中，多数公司都会购买一批新的服务器。并不是绝对不能利用现有的服务器部署虚拟化，但如果你希望你的服务器能以一当十的话，那对性能要求相当的高。除非你已经有了高性能的服务器，否则把两三台服务器整合为一台并没有太大意义。
虚拟化还涉及其它费用支出，包括虚拟化软件，SAN员工培训（可能不是必需的）以及可能产生的咨询费用。新老员工的更迭，也使企业培训成为需要不断投入的成本中心。
