系统启动过程是：加电先运行BIOS，BIOS随后把控制权交给MBR，MBR决定从哪个分区上继续引导。引导分区的首扇区可能是另一个引导程序，这个程序可以更进一步决定如何引导系统并且引导。
通常我们只用Windows的时候，MBR按照标准的方式找到windows分区并且引导该分区将控制权交给NTLdr（不包含win98及更早的windows，那时候的系统不用ntldr），NTLdr来引导windows。如果你多个windows共存安装，安装程序会自动在ntldr配置中增加引导项。
（建议第一个分区使用FAT32，可安装DOS/Windows各版本，不建议使用NTFS格式分区，原因是一但系统出问题NTFS的读写限制远比FAT32多，不利于解决问题）
如果我们多系统共存安装，每一个操作系统都可能会安装引导程序。常见的是linux的GRUB，其他系统概念上一样，都有自己的类似的引导程序，windows是ntldr。不同的是，安装windows时windows总是／并且不提示、没有其他选择地覆盖MBR并将自己的分区设置成活动分区用ntldr启动。一般linux或者bsd等系统可以选择安装引导程序到mbr／安装引导程序到自己分区的首扇区／不安装。
基于以上原因，通常安装于MBR的引导程序只有一个，不同linux共存安装时GRUB可以选择合并引导菜单的方式安装于MBR。所以，可以适当选择安装顺序并且选择一个主引导程序。如果你对以上内容有准确理解，那么安装顺序并不重要，只要最后选择一个你想用的引导程序并且可以用这个引导程序配置引导所有系统就可以。
通常我们可以选择的有两种方式：
1。用ntldr引导。这种方式可以先安装windows在第一个主分区，然后在后面的主分区或逻辑分区安装其他的linux/unix系统（注意BSD/Solaris等UNIX系统只能安装在主分区，而linux可以安装在逻辑分区），安装的时候记住不要把引导程序安装到MBR。安装完成后用一些磁盘工具（可读取磁盘特定扇区的二进制数据的）找到该系统的分区的首扇区并写成一个二进制文件（该起始扇区的位置可以用分区工具例如PM查看到），把这个文件放到C:下，然后在boot.ini中添加一项：C xx文件（你获得的那个扇区文件名字）="你要引导的系统"，即可。可用的磁盘工具如dos下的diskgen等。在linux/unix下可用dd if=/dev/xxx of= 来获取该文件，是等效的方式
用ntldr引导的时候，可能出现其他分区被设置成激活启动，这个时候可能会无法启动ntldr，看不到ntldr的启动菜单而直接启动该分区的操作系统，这样就可能无法引导windows。这种情况只要用分区工具重新激活windows的分区就可以。
